復旦大學中國研究院由復旦大學中國道路研究的兩個重鎮「復旦大學中國發展模式研究中心」和「復旦大學新政治經濟學研究中心」聯合組建而成。研究院的宗旨為分析中國崛起的原因和規律，進行中國道路、中國模式和中國話語的原創性理論研究和政策研究，推動中國思想和中國話語在世界範圍內的崛起。在原有的兩個中心基礎上，研究院集研究、咨政、傳播和培訓為一體，著力建設成為在國內外均有一定影響力的新型智庫。
2015年12月1日，國家高端智庫建設試點工作啟動會議在京召開。復旦大學中國研究院作為依託大學和科研院所的專業化智庫入選首批25家國家高端智庫建設試點單位。