复旦大学中国研究院由复旦大学中国道路研究的两个重镇“复旦大学中国发展模式研究中心”和“复旦大学新政治经济学研究中心”联合组建而成。研究院的宗旨为分析中国崛起的原因和规律，进行中国道路、中国模式和中国话语的原创性理论研究和政策研究，推动中国思想和中国话语在世界范围内的崛起。在原有的两个中心基础上，研究院集研究、咨政、传播和培训为一体，着力建设成为在国内外均有一定影响力的新型智库。
2015年12月1日，国家高端智库建设试点工作启动会议在京召开。复旦大学中国研究院作为依托大学和科研院所的专业化智库入选首批25家国家高端智库建设试点单位。